Mitä, jos ennustus pitää paikkansa? Mitä, jos sota voisi olla ohi huomenna? Eikö se olisi taistelemisen arvoista? Eikö se olisi kuolemisen arvoista?
Thomas ”Neo” Anderson (Keanu Reeves) teki kalliiksi käyvän päätöksen päättäessään esittää kysymyksen, jonka Morpheus (Laurence Fishburne) ja Trinity (Carrie-Anne Moss) olivat jo häntä aiemmin esittäneet. Etsiä ja hyväksyä totuus. Vapauttaa mieli Matrixistä.
Matrix –trilogian toisessa osassa Neo saavuttaa harvinaisten voimiensa suuremman hallinnan, kun Zion on alistumassa Konearmeijan piiritykselle. Vain muutama tunti erottaa enää viimeisen maanpäällisen ihmisasutuksen 250000 konevartijasta, jotka on ohjelmoitu tuhomaan ihmiskunta. Zionin asukkaat ovat kuitenkin toiveikkaita, sillä Morpheus on vakuuttanut heille, että Neo on se Yksi, joka on valittu täyttämään Oraakkelin ennustus ja lopettamaan sota Koneita vastaan. Kaikki toivo lepää näin Neon harteilla, jota häiritsevät näyt pidättelevät toimimasta.
Yhteisen rakkautensa ja uskonsa voimistamina Neo ja Trinity päättävät palata Matrixiin Morpheuksen kanssa ja ottaa käyttöön uskomattomat taitonsa ja aseistuksensa taistellakseen systemaattisen sorron ja riiston voimia vastaan. Mutta Matrixissa on voimakkaita hahmoja, jotka osoittavat vääräksi taidon valita, mutta välttelevät velvollisuutta, joka syntyy, kun käytetään ravinnoksi toisten tuntemaa totuutta.
On karkoitettuja, kuten Agentti Smith (Hugo Weaving), jonka heltymätön yhteys Neoon ajaa hänet toimimaan järjestelmää vastaan, joka vaatii hänen poistamistaan. Smith, jota ajaa eteenpäin hänen halveksimansa inhimillisyys, on kostoa tavoitellessaan valmis tuhoamaan kaiken tielleen sattuvan.
Petollisella matkallaan kohti Matrixin rakenteen syvempää ymmärrystä ja keskeistä rooliaan ihmiskunnan kohtalossa Neo joutuu vastakkain suuremman vastarinnan ja vielä suuremman totuuden sekä valinnan kanssa kuin koskaan pystyi mahdolliseksi kuvittelemaan.
Rakkauden ja totuuden, uskon ja tiedon, tarkoituksen ja järjen yhtymäkohdassa Neon täytyy seurata tietä, jonka hän on valinnut. ”Mitä, jos en pysty”, hän kysyy. ”Mitä, jos epäonnistun?”
Silloin Zion sortuu.
Elokuva alkaa kello 21.00.